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Nota fiscal de fisioterapeuta com CNPJ em São Paulo: passo a passo

Publicado em 6 de outubro de 2026. Conteúdo informativo — não substitui a orientação do seu contador.

Resposta curta: o fisioterapeuta que atende pelo CNPJ em São Paulo emite a Nota Fiscal de Serviços Eletrônica (NFS-e) da empresa. Para isso precisa da inscrição municipal (CCM), do código de serviço de fisioterapia na tabela da prefeitura e, para emitir por um sistema, do certificado digital A1 da empresa. Em cada nota: o tomador (quem paga), a descrição dos atendimentos e o valor.

Para o paciente, fisioterapia é despesa médica dedutível no imposto de renda — por isso a nota precisa dizer quem pagou e quem foi atendido.

Atenção se a sua empresa é do Simples Nacional: a partir de 1º de novembro de 2026, a emissão passa a ser obrigatoriamente pelo Emissor Nacional. Veja o aviso.

Passo a passo

Do CNPJ à nota emitida.

  1. Confirme o regime da sua empresa com o contador

    Simples Nacional, lucro presumido ou sociedade uniprofissional: o regime muda o código de serviço, a forma de pagar o ISS e — para o Simples — o sistema em que a nota vai ser emitida a partir de 1º de novembro de 2026 (veja o aviso abaixo).

  2. Tenha a inscrição municipal (CCM)

    Em São Paulo, todo contribuinte de tributos mobiliários — a empresa que presta serviço, por exemplo — é obrigado a se inscrever no Cadastro de Contribuintes Mobiliários, o CCM, e a NFS-e é emitida pelos prestadores inscritos nele. O comprovante da inscrição é a Ficha de Dados Cadastrais (FDC), onde aparece o número.

  3. Escolha o código de serviço na tabela vigente

    O código de serviço diz à prefeitura que serviço foi prestado e define a alíquota do ISS. Na tabela da prefeitura, fisioterapia aparece em três versões: a de empresa, a de sociedade uniprofissional (regime especial) e a de profissional autônomo. A de autônomo é de quem atende como pessoa física inscrita no CCM, não de quem emite pelo CNPJ.

    Não copie o código de um tutorial antigo: a Prefeitura de São Paulo criou códigos novos e encerrou códigos antigos a partir de 1º de janeiro de 2026. Confira na tabela oficial em vigor, com o seu contador.

  4. Entenda como o ISS é pago

    Na tabela de códigos da prefeitura, fisioterapia prestada por empresa aparece com alíquota de ISS de 2%, sobre o preço do serviço. Se a empresa é do Simples Nacional, o ISS é pago dentro da guia única do Simples, pela faixa do regime — não à parte. A lei do ISS de São Paulo prevê um regime especial para a sociedade uniprofissional de fisioterapeutas — aquela em que todos os profissionais são habilitados na mesma atividade e atendem pessoalmente, em nome da sociedade —, e nele o imposto não é calculado sobre o preço de cada nota. Se a sua empresa se enquadra, quem diz é o contador, que também apura e paga o imposto.

  5. Tenha o certificado digital A1 da empresa

    Para emitir por um sistema, e não nota a nota na tela, a nota é assinada com o certificado digital da empresa (e-CNPJ). Para um sistema on-line assinar por você, o tipo é o A1, que é um arquivo. Você compra na certificadora que preferir; a validação costuma incluir uma videochamada. Anote a data de vencimento: certificado vencido para a emissão.

  6. Emita a nota com tomador, descrição e valor

    Tomador é quem contrata e paga: nome e CPF — ou o CNPJ da clínica, quando é ela quem paga você. Paciente menor de idade pede cuidado — veja em nome de quem a nota sai. Na descrição, os atendimentos com data e valor ajudam o paciente a reconhecer a nota e a levá-la ao reembolso do plano e à declaração de imposto de renda. Confira o valor antes de emitir: nota emitida errada vira cancelamento ou nota nova.

  7. Envie ao paciente e guarde para o contador

    Mande o PDF ao paciente e guarde os arquivos das notas do mês para o contador, que usa essas informações nos impostos e nas declarações da empresa — como a Dmed, em que a empresa de saúde informa à Receita quem pagou e quem foi atendido.

Situações da fisioterapia

Pacote, domicílio e clínica de terceiros.

Pacote de sessões pago adiantado

É comum o paciente pagar um pacote — dez atendimentos de uma vez, por exemplo. Se a nota sai no pagamento do pacote ou conforme os atendimentos acontecem, combine com o seu contador antes de vender o primeiro. Em qualquer caso, a descrição deve deixar claro quantos atendimentos o valor cobre e para quem são.

Atendimento em domicílio ou em outra cidade

Pela regra geral da lei do ISS (Lei Complementar nº 116/2003, art. 3º), o imposto é devido no local do estabelecimento prestador, e fisioterapia (item 4.08 da lista de serviços) não está entre as exceções da lei. Atender na casa do paciente, em geral, não muda a cidade do ISS. Mas a lei chama de estabelecimento o lugar onde você presta serviço de modo permanente ou temporário e que funciona como unidade profissional — se você mantém um espaço próprio em outra cidade, converse com o contador.

Atendimento numa clínica ou estúdio de terceiros

Quem paga define o tomador. Se o paciente paga você, a nota sai no nome dele. Se a clínica recebe do paciente e repassa a você, a nota sai no CNPJ da clínica — e, quando o tomador é empresa, podem incidir retenções de impostos na nota. Quais se aplicam ao seu caso, o contador diz.

Imposto de renda do paciente

A Receita Federal aceita pagamentos a fisioterapeutas como despesa médica, sem limite de valor. Para isso, o comprovante precisa trazer, no mínimo, nome, endereço e CPF ou CNPJ de quem prestou o serviço, a identificação de quem pagou e a de quem foi atendido. Diagnóstico não está nessa lista.

Exemplo — dados fictícios
Tomador (quem paga)
Marta Exemplo — CPF da paciente
Descrição do serviço
Atendimentos de fisioterapia realizados em setembro de 2026: 02/09, 04/09, 09/09, 11/09, 16/09 e 18/09, R$ 150,00 cada.
Valor total
R$ 900,00

Divulgação do consultório

O que o COFFITO pede quando você divulga.

A nota fiscal é um documento entre você e quem paga; não é divulgação. Mas, ao divulgar o consultório, o Código de Ética e Deontologia da Fisioterapia (Resolução COFFITO nº 424/2013) e a Resolução COFFITO nº 532/2021 pedem, entre outras coisas:

  • nome, profissão e número de inscrição no CREFITO nos anúncios, impressos e meios eletrônicos;
  • imagem, texto ou áudio de paciente só com autorização prévia, por Termo de Consentimento Livre e Esclarecido, e com a data do material;
  • nada de sensacionalismo, concorrência desleal ou promessa de resultado infalível, nem divulgação de caso clínico de outro profissional;
  • honorários não podem ser afixados fora do local de atendimento nem divulgados de forma incompatível com a dignidade da profissão.

Na dúvida sobre um post ou anúncio, o CREFITO da sua região orienta.

Aviso para o Simples Nacional

Simples em São Paulo: Emissor Nacional a partir de 1º de novembro de 2026.

A Prefeitura de São Paulo informou que a emissão pelo Emissor Nacional da NFS-e passa a ser obrigatória em 1º de novembro de 2026 para as empresas optantes pelo Simples Nacional, com base nas resoluções do Comitê Gestor do Simples Nacional (Resoluções CGSN nº 189 e nº 191, de 2026). A partir dessa data, o sistema municipal de NFS-e fica disponível só para consultas e emissões retroativas.

Para profissionais liberais e autônomos que atendem como pessoa física, a obrigação começou em 3 de agosto de 2026.

Empresas fora do Simples — lucro presumido, por exemplo — não estão nessa lista da prefeitura. Confirme com o seu contador em que situação a sua empresa está.

E a Konota? Hoje a Konota emite pelo sistema da Prefeitura de São Paulo. Ela ainda não emite pelo Emissor Nacional. Se a sua empresa é do Simples, considere isso antes de criar a conta: até 31 de outubro de 2026 a emissão funciona; depois dessa data, até a emissão pelo Emissor Nacional estar disponível aqui, não. Fale com a gente se esse é o seu caso.

Na Konota

Os dados fiscais uma vez. Depois, o mês montado.

Você informa uma vez o CNPJ, a inscrição municipal (CCM) e o código de serviço — a Konota sugere o código de fisioterapia a partir da profissão que você escolhe no cadastro, e você confirma com o seu contador —, diz se a empresa é do Simples Nacional e se é uma sociedade de profissionais (a Konota troca o código pelo da sociedade, à sua vista) e envia o seu certificado A1. A Konota confere o certificado na hora, e ele fica guardado cifrado, só para assinar as notas que você mandar emitir.

No fim do mês, as notas chegam montadas paciente por paciente. Quem paga por atendimento tem a nota com os atendimentos que você marcou como realizados na agenda, um por linha, com data e valor — o texto já sai como “atendimentos de fisioterapia”. Quem paga um valor fechado no mês tem a mesma nota todo mês. Se quem paga é uma clínica, o cadastro aceita CNPJ, e a nota tem os campos de impostos retidos. Pacote pago adiantado não é um tipo de combinado à parte: combine com o seu contador como emitir. Veja como o mês fecha.

A Konota não substitui o seu contador: ele continua cuidando dos impostos e das obrigações da empresa. E quem emite é você — nada vai para a prefeitura sem você mandar.

Dúvidas frequentes

O que mais perguntam sobre isso.

Fisioterapeuta com CNPJ precisa emitir nota fiscal?

Sim. Quem atende pelo CNPJ em São Paulo emite a Nota Fiscal de Serviços Eletrônica (NFS-e) da empresa pelos serviços prestados. O recibo do Receita Saúde é para quem atende como pessoa física.

Quanto é o ISS de fisioterapeuta com CNPJ em São Paulo?

Na tabela de códigos da prefeitura, fisioterapia prestada por empresa aparece com alíquota de 2%. No Simples Nacional, o ISS é pago dentro da guia única do Simples, pela faixa do regime. A sociedade uniprofissional de fisioterapeutas tem regime especial, que não calcula o imposto sobre o preço de cada nota. Quem confirma o enquadramento e apura é o seu contador.

Fisioterapia é dedutível no imposto de renda do paciente?

Sim. A Receita Federal aceita pagamentos a fisioterapeutas como despesa médica, sem limite de valor. O comprovante precisa identificar quem prestou o serviço, quem pagou e quem foi atendido.

Atendo na casa do paciente ou em outra cidade. Onde pago o ISS?

Pela regra geral da Lei Complementar nº 116/2003, o ISS de fisioterapia é devido no local do estabelecimento prestador, e fisioterapia não está entre as exceções da lei. Atender em domicílio, em geral, não muda isso. Se você mantém um espaço próprio em outra cidade, confirme com o seu contador.

Como fica a nota de um pacote de sessões pago adiantado?

Se a nota sai no pagamento do pacote ou conforme os atendimentos acontecem é decisão a combinar com o seu contador. Em qualquer caso, a descrição deve dizer quantos atendimentos o valor cobre e para quem são.

Sou do Simples Nacional. A Konota emite minhas notas depois de 1º de novembro de 2026?

Ainda não. A partir de 1º de novembro de 2026, quem é do Simples em São Paulo passa a emitir obrigatoriamente pelo Emissor Nacional, e a Konota emite hoje pelo sistema da Prefeitura de São Paulo. Até a emissão pelo Emissor Nacional estar disponível na Konota, ela não atende a emissão de quem é do Simples a partir dessa data. Fale com a gente antes de criar a conta.

Fontes

Onde conferir.

As regras fiscais mudam. Antes de decidir como emitir, confirme com o seu contador — ele conhece o regime e a situação da sua empresa.

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O que ela faz, para quem é, como o mês fecha e quanto custa.

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